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Als anerkanntes FFH-Schutzgebiet stehen Dohlenstein und Pfaffenberg unter besonderer Beobachtung. Über die Zeit haben sich hier seltene Pflanzen, z. B. verschiedene Orchideen-Arten angesiedelt. Selbst Wildkatzen konnten nachgewiesen werden.
Die besondere Geologie des Dohlensteins machte ihn 2021 zum wissenschaftlichen Objekt von Forschern. Sie vermaßen den Berg und stellten ihn im 3D-Modell dar. Er zählt zu einem der 30 schönsten Geotope Deutschlands.